trubus.id
Ilmuan Terapkan Metode Sekuensing Nanopore untuk Teliti Virus Demam Babi Afrika

Ilmuan Terapkan Metode Sekuensing Nanopore untuk Teliti Virus Demam Babi Afrika

Syahroni - Jumat, 17 Jan 2020 23:00 WIB

Trubus.id -- African swine fever (ASF) atau demam babi Afrika adalah salah satu penyakit virus paling patogen pada babi yang disebabkan oleh African Swine Fever Virus (ASFV). Tingkat kematian hampir 100%, yang membawa kerugian ekonomi yang sangat besar bagi industri babi di negara-negara dengan epidemi. 

Cina adalah negara Asia pertama yang memiliki epidemi ASF, dan menyebar cepat ke seluruh negeri setelah epidemi pertama dilaporkan pada Agustus 2018. Setelah itu, Mongolia, Vietnam, Kamboja, dan Korea Utara juga melaporkan epidemi ASF secara berturut-turut.

Virus demam babi Afrika adalah anggota keluarga Asfarviridae dan merupakan satu-satunya virus DNA yang diketahui yang dapat ditularkan melalui kutu. Ukurannya berdiameter 175-215 nm dan simetris icosahedral dengan amplop, dan genom yang terlampir di dalamnya adalah DNA linier untai ganda dengan ukuran 170-190 kb. 

Pada babi, ASFV dapat mereplikasi dalam sitoplasma berbagai sel, terutama sel retikuloendotelial dan makrofag mononuklear. Mengingat bahwa genom virus demam babi di Afrika sangat kompleks dan seluruh informasi genom saat ini tidak memadai, penting untuk secara efisien mendapatkan urutan genom virus untuk studi genomik dan epidemiologis.

"Kami pertama kali menggunakan platform nanopore untuk secara langsung mengurutkan sampel klinis dari babi yang terinfeksi ASFV, dan mengeksplorasi kemungkinan TGS memperoleh genom virus besar seperti ASFV." kata Dr. Lijia Jia, penulis pertama untuk pekerjaan ini seperti dilansir dari Science China Press. 

Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa teknologi Nanopore dapat memperoleh genom ASFV lebih cepat daripada sekuensing generasi berikutnya. 

"Adapun waktu kerja, persiapan perpustakaan NGS dan sekuensing di mesin memakan waktu lebih lama secara signifikan daripada TGS. Hiseq X10 menghasilkan 100 Gb data lebih dari 76 jam, sedangkan waktu persiapan perpustakaan nanopore dan waktu untuk menghasilkan 100 Gb data pada sequencer promethION bertambah hingga kurang dari 24 jam," terang Jia. 

Keuntungan dari sekuensing nanopore adalah pencapaian cepat dari genom patogen, dan keunggulan NGS adalah akurasi sekuensing. Metode menggunakan TGS + NGS adalah pilihan yang baik dalam hal waktu dan akurasi. "

"Meskipun data saat ini menunjukkan bahwa wabah demam babi Afrika di Cina tampak seperti sumber tunggal, hasil kami menunjukkan bahwa masih ada 6-93 variasi dalam genom isolat ASFV di berbagai provinsi dan kota. Sebagai virus DNA double-stranded besar, ASFV memiliki genom yang relatif konservatif, dan variasi alaminya sangat lambat, tetapi dapat dipercepat dengan interaksi dengan inang dan stimulasi faktor lingkungan. 

Dalam konteks ini, perlu untuk mempromosikan sekuensing seluruh genom ASFV di berbagai wilayah, yang dapat memberi kami informasi variasi yang lebih bermakna dan dapat memainkan peran penting dalam membangun kembali rute transmisi ASFV," kata Profesor Di Liu, rekan -Penulis yang sesuai.

Hasil yang menggembirakan ini mengkonfirmasi kegunaan dari sekuensing ONT sebagai metode sekuensing langsung non-biakan untuk genom ASFV dari jaringan klinis PCR-positif. Sekuensing waktu nyata dari seluruh genom strain wabah menyediakan dasar untuk pelacakan epidemiologis berikutnya dan studi evolusi. [RN]

Editor : Syahroni

Berita Terkait

28 Feb 2020
28 Feb 2020
27 Feb 2020

Baca Juga

Berita Lainnya